El castillo y la villa de Javier fueron ganados por Sancho VII de Navarra en torno al año 1223. Un noble aragonés los había dado como garantía por un préstamo de 9.000 sueldos que le concedió el monarca navarro, pero al acabar el plazo y no poder hacer frente al pago, pasaron a la propiedad de Sancho. No era la primera vez, ni sería la última, pues Sancho VII fue uno de los grandes prestamistas de la Corona de Aragón, y gracias a los préstamos no devueltos, se adueñó de una serie de villas y castillos entregados como aval que le ayudaron a reforzar sus fronteras con Aragón: Escó, Peña, Petilla, Gallur, Trasmoz, Sádaba, etc.
En 1236 el castillo fue entregado por el rey Teobaldo I a Adán de Sada.
Tras la conquista de Navarra el castillo pertenecía a María de Azpilcueta, oriunda del Valle de Baztán, casada con Juan de Jaso, cuya familia defendía la independencia del reino. Por este motivo el Cardenal Cisneros ordenó la demolición completa del castillo en 1516, aunque sólo se realizó un desmochando de la parte fuerte del mismo:1
Se derribó toda la muralla que lo rodeaba y que estaba guarnecida de almenas y aspilleras.
Se rellenó el foso, igualándolo al terreno.
Se destruyeron dos grandes portaladas.
Se derribaron dos torres redondas.
Se demolió el puente levadizo y, dentro de la muralla, el jardín y la morada de los conejos.
La torre de Homenaje de San Miguel fue rebajada a la mitad.
Tras sucesivas herencias, la propiedad del castillo, junto con el resto del pueblo de Javier, recayó en la Casa de Villahermosa.
A finales del siglo XIX, el castillo estaba prácticamente en ruinas, y por iniciativa de sus propietarios, María del Carmen de Aragón-Azlor, duquesa de Villahermosa, y su marido José Manuel de Goyeneche, conde de Guaqui, se comenzaron las obras de restauración.
El repentino fallecimiento sin descendencia del conde de Guaqui en 1893 hizo peligrar la continuación de las obras por falta de fondos. Sin embargo, los hermanos del conde, el marqués de Villafuerte, las duquesas de Goyeneche y Gamio y don José Sebastián de Goyeneche, mediante escrituras notariales otorgadas el 30 de abril de 1894 y 9 de marzo de 1895 acordaron reconocer a la duquesa de Villahermosa el usufructo vitalicio de toda la herencia de su marido para así poder hacer frente a los gastos de las obras ya iniciadas. Dada la envergadura de estas obras, todos los hermanos del conde de Guaqui también participaron con sus propios fondos en la restauración del castillo, edificación de una basílica adosada a él y la construcción de viviendas para sacerdotes y casas de ejercicios.
Ya a principios del siglo XX, la duquesa de Villahermosa donó el castillo y la basílica a la Compañía de Jesús con la condición de que lo mantuviera tal y como se le entregó. En la cripta de la basílica descansan los restos de quienes contribuyeron a la reconstrucción del castillo y erección de la basílica: la duquesa de Villahermosa, su marido José Manuel de Goyeneche (conde de Guaqui) y los hermanos María Josefa (duquesa de Goyeneche), Carmen (duquesa de Gamio) y José Sebastián de Goyeneche y Gamio (fundador de la Fundación Goyeneche).
El Castillo de Javier es el destino de una multitudinaria peregrinación a principios de marzo, en honor del santo patrón de Navarra, llamada popularmente Javierada.
